Hay al menos 6 vuelos diarios a las Islas Galápagos. Todos los vuelos a Galápagos salen del Ecuador continental, la capital Quito y Guayaquil. Todos los vuelos desde Quito pasan por Guayaquil. Los vuelos desde el Ecuador continental llegan a uno de los dos aeropuertos principales de Galápagos, en las islas de Baltra y San Cristóbal; en la isla Isabela hay una pequeña pista para avionetas.
Actualmente existen dos aerolíneas que vuelan desde el Ecuador continental hacia las islas, Avianca y Latam.
Los precios de los vuelos van desde los $500 para los adultos y $450 para los niños en las diferentes rutas que se pueden tomar, como lo son:
- Quito – Galapagos – Quito
- Guayaquil – Galapagos – Guayaquil
- Quito – Galapagos – Guayaquil
- Guayaquil – Galapagos – Quito
